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突袭世界的除夜灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重目击就要撞上了。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本感受能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨除夜生物与戎行交火。乞助弥留之下，间谍机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所管辖的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲刻毒地呼吁：驾驶称为“EVA”的巨除夜人型机械人与使徒战争。本已暗示回绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，抉择驯服制服父亲的呼吁。就这样，从未受过作战操练的真嗣，预备驾驶EVA初号机迎战使徒。不竭袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日喷喷香·兰格蕾，14岁的少年要面临远超自己能力的挑战。而碇元渡若无其事地不美观不美观不雅察看一切，一个称为“人类补完筹算”的神秘筹算正在遵循他的筹算实现。